"Midnatspaladset" begynder i Calcutta i 1930'erne og er historien om de to tvillingesøskende Ben og Sheere, der bliver skilt ad, da deres forældre omkommer. Sheere vokser op hos deres bedstemor, mens Ben bliver anbragt på et børnehjem. De to søskende genforenes på deres 16 års fødselsdag, men det der skulle have været starten på et lykkeligt møde, bliver starten på en kamp mod onde magter. Deres forfølger Jawahal dukker nemlig op ...